COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 26.850592 26.850592 29.578293
2021-01-05 17:00:00 28.210302 28.210302 29.322188
2021-01-04 17:00:00 30.493831 30.493831 29.274847
2021-01-03 17:00:00 32.148499 32.148499 29.552579
2021-01-02 17:00:00 38.852583 30.531819 29.620901
2021-01-01 17:00:00 31.725468 31.725468 29.598681
2020-12-31 17:00:00 30.569807 30.569807 29.357704

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 25.172414 25.172414 28.287083
2021-01-05 17:00:00 25.448029 25.448029 28.182353
2021-01-04 17:00:00 28.470588 28.470588 28.051591
2021-01-03 17:00:00 24.909747 24.909747 28.036239
2021-01-02 17:00:00 24.468085 24.468085 28.003933
2021-01-01 17:00:00 40.877368 40.877368 27.906218
2020-12-31 17:00:00 33.979136 33.979136 27.084395

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 24.676851 47.511312 27.689619
2021-01-05 17:00:00 14.322251 14.322251 27.232717
2021-01-04 17:00:00 21.578947 21.578947 26.876386
2021-01-03 17:00:00 25.471698 25.471698 26.508098
2021-01-02 17:00:00 39.000000 39.000000 26.326939
2021-01-01 17:00:00 31.643002 31.643002 25.728705
2020-12-31 17:00:00 21.940299 21.940299 25.006425

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 13.611491 13.611491 11.879334
2021-01-05 17:00:00 7.528711 7.528711 11.417698
2021-01-04 17:00:00 15.272979 15.272979 11.392906
2021-01-03 17:00:00 10.630758 10.630758 11.488706
2021-01-02 17:00:00 20.348837 20.348837 11.580552
2021-01-01 17:00:00 19.360269 19.360269 11.603091
2020-12-31 17:00:00 13.333333 7.595357 11.667870

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 9.308348 23.127063 19.369891
2021-01-05 17:00:00 16.408300 16.408300 19.554301
2021-01-04 17:00:00 18.844601 18.844601 19.629632
2021-01-03 17:00:00 14.671723 14.671723 19.810749
2021-01-02 17:00:00 19.959267 19.959267 20.022273
2021-01-01 17:00:00 10.591900 16.408300 18.735387
2020-12-31 17:00:00 10.889216 36.947218 17.226011

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 26.657645 26.657645 39.097262
2021-01-05 17:00:00 42.869342 42.869342 38.347311
2021-01-04 17:00:00 55.690915 55.690915 37.886453
2021-01-03 17:00:00 34.921245 34.921245 37.151052
2021-01-02 17:00:00 77.112543 77.112543 37.182968
2021-01-01 17:00:00 58.604547 35.666518 37.282043
2020-12-31 17:00:00 35.091211 35.091211 37.034044

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 43.193158 43.193158 41.244057
2021-01-05 17:00:00 40.952381 40.952381 40.649510
2021-01-04 17:00:00 38.865837 38.865837 40.427833
2021-01-03 17:00:00 30.349014 30.349014 40.352607
2021-01-02 17:00:00 46.262887 46.262887 40.189874
2021-01-01 17:00:00 39.766407 39.766407 39.973334
2020-12-31 17:00:00 39.012456 39.012456 39.209128

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 31.651159 31.651159 28.754238
2021-01-05 17:00:00 25.320371 25.320371 28.270222
2021-01-04 17:00:00 32.355081 32.355081 27.834220
2021-01-03 17:00:00 27.946800 27.946800 27.580991
2021-01-02 17:00:00 31.843157 31.843157 27.356800
2021-01-01 17:00:00 27.340289 27.340289 26.964772
2020-12-31 17:00:00 28.172832 28.172832 26.537810

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 28.515625 28.515625 34.227864
2021-01-05 17:00:00 29.618768 29.618768 34.451941
2021-01-04 17:00:00 31.240429 31.240429 34.532035
2021-01-03 17:00:00 31.936416 31.936416 34.620138
2021-01-02 17:00:00 49.271845 49.271845 33.238350
2021-01-01 17:00:00 41.658241 41.658241 33.118893
2020-12-31 17:00:00 40.067912 40.067912 32.617303

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 33.420129 33.420129 32.587424
2021-01-05 17:00:00 29.017567 29.017567 32.223363
2021-01-04 17:00:00 28.491251 28.491251 32.059283
2021-01-03 17:00:00 32.770853 32.770853 31.820989
2021-01-02 17:00:00 33.524629 33.524629 31.443590
2021-01-01 17:00:00 35.061955 35.061955 30.912105
2020-12-31 17:00:00 37.137908 37.137908 30.123047

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 17.021764 17.021764 17.999724
2021-01-05 17:00:00 14.100985 14.100985 18.206878
2021-01-04 17:00:00 15.295131 15.295131 18.442346
2021-01-03 17:00:00 26.571429 26.571429 18.753447
2021-01-02 17:00:00 20.070423 20.070423 18.239470
2021-01-01 17:00:00 21.868097 21.868097 18.256409
2020-12-31 17:00:00 19.265552 19.265552 17.792501

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 6.601467 6.601467 7.182643
2021-01-05 17:00:00 4.093567 4.093567 7.144148
2021-01-04 17:00:00 16.141732 4.724409 7.280144
2021-01-03 17:00:00 9.326425 9.326425 7.338998
2021-01-02 17:00:00 11.170213 11.170213 7.430106
2021-01-01 17:00:00 11.751663 7.605634 7.864834
2020-12-31 17:00:00 11.488251 11.488251 8.643954

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 58.287796 58.287796 44.247634
2021-01-05 17:00:00 64.069264 64.069264 43.976586
2021-01-04 17:00:00 11.708861 11.708861 42.835601
2021-01-03 17:00:00 51.891892 51.891892 41.848150
2021-01-02 17:00:00 36.595745 36.595745 39.420715
2021-01-01 17:00:00 40.909091 40.909091 38.571232
2020-12-31 17:00:00 45.936396 45.936396 36.977586

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 46.666667 46.666667 49.351996
2021-01-05 17:00:00 52.655889 52.655889 48.609518
2021-01-04 17:00:00 58.308157 58.308157 47.771034
2021-01-03 17:00:00 33.766234 33.766234 48.040686
2021-01-02 17:00:00 93.548387 30.933333 47.313710
2021-01-01 17:00:00 64.333333 64.333333 47.584675
2020-12-31 17:00:00 81.841432 81.841432 48.239276

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 34.489917 34.489917 38.254355
2021-01-05 17:00:00 39.777618 39.777618 38.314490
2021-01-04 17:00:00 36.647494 36.647494 37.922002
2021-01-03 17:00:00 42.078365 42.078365 37.574205
2021-01-02 17:00:00 43.127490 43.127490 37.339751
2021-01-01 17:00:00 38.416848 38.416848 37.223242
2020-12-31 17:00:00 42.440236 42.440236 36.559366

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 43.710257 43.710257 34.797438
2021-01-05 17:00:00 23.810573 23.810573 34.036932
2021-01-04 17:00:00 25.300722 25.300722 33.412011
2021-01-03 17:00:00 38.982355 38.982355 32.817326
2021-01-02 17:00:00 17.400101 17.400101 32.931744
2021-01-01 17:00:00 87.957125 87.957125 33.420218
2020-12-31 17:00:00 39.434948 39.434948 33.513200

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 13.426854 13.426854 11.951756
2021-01-05 17:00:00 9.535553 9.535553 11.506919
2021-01-04 17:00:00 11.397296 11.397296 11.457495
2021-01-03 17:00:00 15.532426 15.532426 11.322596
2021-01-02 17:00:00 15.632754 15.632754 11.066823
2021-01-01 17:00:00 12.731078 12.731078 11.005317
2020-12-31 17:00:00 11.944174 11.944174 10.758109

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 28.873720 28.873720 27.874753
2021-01-05 17:00:00 25.055644 32.481451 27.102022
2021-01-04 17:00:00 28.668590 28.668590 26.383277
2021-01-03 17:00:00 27.567141 27.567141 25.750479
2021-01-02 17:00:00 24.026187 24.026187 25.524719
2021-01-01 17:00:00 24.933333 24.933333 24.802623
2020-12-31 17:00:00 29.623717 29.623717 24.054978

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 9.980573 9.980573 15.103862
2021-01-05 17:00:00 13.041796 13.041796 15.057984
2021-01-04 17:00:00 18.912387 18.912387 15.161307
2021-01-03 17:00:00 13.206845 13.206845 15.246019
2021-01-02 17:00:00 25.369333 25.369333 15.500946
2021-01-01 17:00:00 17.613636 17.613636 15.613625
2020-12-31 17:00:00 17.873303 17.873303 15.665801

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 24.282715 34.700000 23.726781
2021-01-05 17:00:00 20.892857 20.892857 23.393036
2021-01-04 17:00:00 25.000000 5.535623 23.612700
2021-01-03 17:00:00 24.105012 24.105012 23.495306
2021-01-02 17:00:00 51.546392 51.546392 22.593102
2021-01-01 17:00:00 23.408624 23.408624 22.599784
2020-12-31 17:00:00 28.142589 28.142589 22.031428

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 14.606742 14.606742 16.843066
2021-01-05 17:00:00 4.827586 11.797753 16.219842
2021-01-04 17:00:00 6.053812 17.088608 16.682662
2021-01-03 17:00:00 7.592191 25.362319 16.952171
2021-01-02 17:00:00 2.167183 19.011407 17.645750
2021-01-01 17:00:00 12.318841 12.318841 18.090771
2020-12-31 17:00:00 26.605505 26.605505 18.827613

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-01-06 17:00:00 69.653456 69.653456 78.151899
2021-01-05 17:00:00 72.620419 72.620419 78.281810
2021-01-04 17:00:00 80.826526 74.586679 78.918029
2021-01-03 17:00:00 78.615774 78.615774 79.473773
2021-01-02 17:00:00 82.745098 82.745098 77.828240
2021-01-01 17:00:00 77.738230 76.652943 79.562990
2020-12-31 17:00:00 75.011721 113.367974 78.799285

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 25.172414 25.172414 28.287083
Basilicata 24.676851 47.511312 27.689619
Calabria 13.611491 13.611491 11.879334
Campania 9.308348 23.127063 19.369891
Emilia-Romagna 26.657645 26.657645 39.097262
Friuli Venezia Giulia 43.193158 43.193158 41.244057
Lazio 31.651159 31.651159 28.754238
Liguria 28.515625 28.515625 34.227864
Lombardia 33.420129 33.420129 32.587424
Marche 17.021764 17.021764 17.999724
Molise 6.601467 6.601467 7.182643
P.A. Bolzano 58.287796 58.287796 44.247634
P.A. Trento 46.666667 46.666667 49.351996
Piemonte 34.489917 34.489917 38.254355
Puglia 43.710257 43.710257 34.797438
Sardegna 13.426854 13.426854 11.951756
Sicilia 28.873720 28.873720 27.874753
Toscana 9.980573 9.980573 15.103862
Umbria 24.282715 34.700000 23.726781
Valle d'Aosta 14.606742 14.606742 16.843066
Veneto 69.653456 69.653456 78.151899

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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